1. 禅海蠡测 (一九五五)
2. 楞严大义今释 (一九六〇)
3. 楞伽大义今释 (一九六五)
4. 禅与道概论 (一九六八)
5. 维摩精舍丛书 (一九七〇)
6. 静坐修道与长生不老 (一九七三)
7. 禅话 (一九七三)
8. 习禅录影 (一九七六)
9. 论语别裁(上) (一九七六)
10. 论语别裁(下) (一九七六)
11. 新旧的一代 (一九七七)
12. 定慧初修 (一九八三)
13. 金粟轩诗词楹联诗话合编 (一九八四)
14. 孟子旁通 (一九八四)
15. 历史的经验 (一九八五)
16. 道家密宗与东方神秘学 (一九八五)
17. 习禅散记 (一九八六)
18. 中国文化泛言(原名“序集”) (一九八六)
19. 一个学佛者的基本信念 (一九八六)
20. 禅观正脉研究 (一九八六)
21. 老子他说 (一九八七)
22. 易经杂说 (一九八七)
23. 中国佛教发展史略述 (一九八七)
24. 中国道教发展史略述 (一九八七)
25. 金粟轩纪年诗初集 (一九八七)
26. 如何修证佛法 (一九八九)
27. 易经系传别讲(上传) (一九九一)
28. 易经系传别讲(下传) (一九九一)
29. 圆觉经略说 (一九九二)
30. 金刚经说什么 (一九九二)
31. 药师经的济世观 (一九九五)
32. 原本大学微言(上) (一九九八)
33. 原本大学微言(下) (一九九八)
34. 现代学佛者修证对话(上) (二〇〇三)
35. 现代学佛者修证对话(下) (二〇〇四)
36. 花雨满天 维摩说法(上下册) (二〇〇五)
37. 庄子諵譁(上下册) (二〇〇六)
38. 南怀瑾与彼得·圣吉 (二〇〇六)
39. 南怀瑾讲演录二〇〇四—二〇〇六 (二〇〇七)
40. 与国际跨领域领导人谈话 (二〇〇七)
41. 人生的起点和终站 (二〇〇七)
42. 答问青壮年参禅者 (二〇〇七)
43. 小言黄帝内经与生命科学 (二〇〇八)
44. 禅与生命的认知初讲 (二〇〇八)
45. 漫谈中国文化 (二〇〇八)
46. 我说参同契(上册) (二〇〇九)
47. 我说参同契(中册) (二〇〇九)
48. 我说参同契(下册) (二〇〇九)
49. 老子他说续集 (二〇〇九)
50. 列子臆说(上册) (二〇一〇)
51. 列子臆说(中册) (二〇一〇)
52. 列子臆说(下册) (二〇一〇)
53. 孟子与公孙丑 (二〇一一)
54. 瑜伽师地论 声闻地讲录(上册) (二〇一二)
55. 瑜伽师地论 声闻地讲录(下册) (二〇一二)
56. 廿一世纪初的前言后语(上册) (二〇一二)
57. 廿一世纪初的前言后语(下册) (二〇一二)
58. 孟子与离娄 (二〇一二)
59. 孟子与万章 (二〇一二)
60. 宗镜录略讲(卷一至五) (二〇一三至二〇一五)
61. 南怀瑾禅学讲座(上) (二〇一七)
62. 南怀瑾禅学讲座(下) (二〇一七)