禅宗起源于印度，发扬在中国。因此，常称中国是禅宗的宗祖国。但要讲到禅宗初期的发展史，疑案重重，真使人有迷离惝恍的感觉。属于禅宗创建史的疑案，便是释迦在灵山会上拈花示众，大家不得要领，只有他的大弟子摩诃迦叶尊者破颜微笑，因此而有“教外别传”的心法开始之第一疑案，向来便为宗门以外的学者所怀疑。其次，关于达摩大师东来的生卒年代，以及他的存殁去留等问题，也是一般学者所诤辩的疑案。再其次，便是二祖传法于三祖之间的公案，其中缺乏史料的证据。到了初唐之际，便有六祖慧能与神秀禅师南北两宗的争执问题，以及现代一般学者对于《六祖坛经》与神会（荷泽）之间的节外生枝的疑案等等，足够一般学者去游心妄想，搜罗考证。
其实，禅宗的本身，它与密宗有同源异脉的关系。如果禅宗的教授法，不走公开传法的路线，几乎也会成为另一密宗的派系。倘使我们对密宗的传承史料，也想一一加以一般学术性的考据，那就保证你穷尽毕生精力，也难找出它的确实结果。这个根本问题，倒不是他们不肯注重史料的关系，实在是他们的修养和见解，只重传道精神的信仰，早已薄视世俗的留芳与扬名的观念，因此而忽略这些史料的记载。禅宗在隋、唐以后，已经融入中国文化深厚的气息，对于历史和传统的观念，也和其他佛学的各宗派一样，注重“史迹”的记载，所以才形成唐、宋以后中国禅宗的风格。初唐以后中国的密宗（包括西藏的密宗），也才开始注重师授传承的历史资料。不过，密宗传承的资料，始终还是保持秘密的作风不公开。
禅宗自达摩大师到三祖僧璨之间，正值南北朝的齐、梁变乱，以及北周武宗的灭佛灭僧的风暴中。他们不但先有避世高蹈的志向蕴存心中，同时又加上南北朝时代世风的紊乱，士风的颓丧，于是更加强他们“邦无道，危行言逊”的情操，因此“入山唯恐不深”，“逃名唯恐不彻”。虽然如此，如果从学术发展史的立场而言，在禅宗有关的史料中，对于二祖三祖之间传承事迹的记载，实在有很多矛盾与疏忽之处，确也耐人寻味。
自达摩大师将心法与衣钵传授二祖神光（慧可）以后，神光的事迹以及二祖传授三祖僧璨之间的史实，根据禅宗初期的史书《景德传灯录》与《五灯会元》等的记载，与唐代高僧道宣所著《续高僧传》的资料，其中出入之处，就大有问题。
《传灯录》记载二祖神光（慧可）的事迹云：
“大师继阐玄风，博求法嗣。至北齐天保二年（梁简文帝大宝二年，公元五五一年），有一居士，年逾四十，不言名氏，聿来设礼而问师曰：弟子身缠风恙，请和尚忏罪。师曰：将罪来与汝忏。居士良久云：觅罪不可得。师曰：我与汝忏罪竟。宜依佛法僧住。曰：今见和尚，已知是僧，未审何名佛法？师曰：是心是佛，是心是法。法佛无二，僧宝亦然。曰：今日始知罪性不在内，不在外，不在中间，如其心然，佛法无二也。大师深器之，即为剃发，云：是吾宝也，宜名僧璨。其年三月十八日于光福寺受具。自兹疾渐愈，执侍经二载，大师乃告曰：菩提达摩，远自竺乾以正法眼藏密付于吾，吾今授汝并达摩信衣，汝当守护，无令断绝。听吾偈曰：‘本来缘有地，因地种华生。本来无有种，华亦不曾生。’大师付衣法已，又曰：汝受吾教，宜处深山，未可行化，当有国难。璨曰：师既预知，愿垂示诲。师曰：非吾知也，斯乃达摩传般若多罗悬记云‘心中虽吉外头凶’是也。吾校年代，正在于兹，当谛思前言，勿罹世难。然吾亦有宿累，今要酬之，善去善行，俟时传付。”
新语云：我们读了上述的公案以后，便知三祖僧璨初向二祖神光求法的时候，也正同二祖向达摩大师求乞“安心”法门的故事一样，好像是同一模子的翻版。只是神光所求的目的，在于如何的“安心”，僧璨所求的目的，却是如何的忏罪，才能去掉缠身的风恙。一个是求“安心”，一个是求“安身”。但是当神光向达摩大师求乞“安心”的法门时，达摩却对他说：“将心来为汝安。”神光答说：“觅心了不可得。”达摩便说：“我与汝安心竟。”现在到了僧璨向神光求乞安身的法门时，神光也说：“将罪来与汝忏。”僧璨答说：“觅罪不可得。”神光便说：“我与汝忏罪竟，宜依佛法僧住。”岂非是依样画葫芦，简直像是纯出臆造似的。其实，此中大有文章，不可轻易放过。第一，心身是二是一？这是第一个问题。第二，“身缠风恙”，是身之病，根据佛学道理，病由业生，业由心造。再进一步来说，此身也由业识而来，而业识则由一心所造，如果真能转心去业，则亦当可回心转身了。这是第二个问题。关于以上所提出的两个问题，不想为大家画蛇添足地下注解，暂时留待诸位自己去寻答案，较为切实。
现在我们再回转来研究禅宗的二祖神光（慧可），在悟道传法以后，他又如何地自去忏罪消业呢？
《传灯录》记载云：
“大师付嘱已，即于邺都随宜说法，一音演畅，四众归依，如是积三十四载。遂韬光混迹，变易仪相，或入诸酒肆，或过于屠门，或习街谈，或随厮役。人问之曰：师是道人，何故如是？师曰：我自调心，何关汝事。又于筦城县匡救寺三门下谈无上道，听者林会。时有辩和法师者，于寺中讲《涅槃经》，学徒闻师阐法，稍稍引去。辩和不胜其愤，兴谤于邑宰翟仲侃，仲侃惑其邪说，加师以非法。师怡然委顺。识真者谓之偿债。时年一百七岁。即隋文帝开皇十三年癸丑岁三月十六日也。后葬于磁州滏阳县东北七十里，唐德宗谥大祖禅师。”
新语云：根据以上的记载，我们从世俗的观念来说，二祖神光，由四十岁左右得法开悟以后，又在邺都（河南临漳县西）弘扬禅道达三十四年，应该已经到了七十多岁的高龄。而且“四众归依”，也可以说正是年高德劭了。何以在这样的年龄，这样的环境中，他又忽然“变易仪相”而还俗，有时候进酒店，有时候在屠门，还常到闹市街上，与一般下层社会的人去瞎混呢？难道他是动了凡心，真个要还俗了吗？可是有人问他：“师是道人，何故如此？”他又说：“我自调心，何关汝事？”那么，他在三十多年前，在达摩大师处所得的“安心”法门，仍然是靠不住了！经过了三十多年，此心仍不能安吗？不能安心，必须要到闹市、酒店、屠门，才能“安心”吗？由此，使人怀疑：禅宗真的是“言下顿悟”，“一悟便休”吗？悟后就不要起修吗？而修又修个什么呢？凡此种种，都是一个个很大的问题，实在值得探寻，不可随便忽略过去。
其次，二祖由三十多岁舍俗出家开始，到了七十多岁又去混俗和光，一混便混到了筦城（筦即管，管城今之河南郑县）。混混便混混，为什么到了一百多岁的人，还童心未泯，又在匡救寺的三门外讲什么“无上道”，硬要挡了当时在寺中讲经的辩和法师的财路呢？这又所为何来？难道说真的活得不耐烦，非要自寻死路不可吗？结果由此得罪了讲经的法师，因而被害。而记载上却轻轻松松地说：“怡然委顺，识真者谓之偿债。”那么，不识真而识假的，又叫他是什么呢？我想，一定都会叫他是“活该”，对吗？我们研究二祖的一生，由少年阶段的“志气不群，博涉诗书，尤精玄理”开始，一直看到他在青年阶段的出家，中年阶段的得法悟道，晚年阶段的还俗混混，老年阶段的受罪被害，真是一个充满个性的悲喜闹剧。他的一生，还的是什么债？玩的是什么把戏？处处充满了问题，处处值得参究。有人说：“剑树刀山为宝座，龙潭虎穴作禅床。道人活计原如此，劫火烧来也不忙。”恐怕这种情形，还不是他的境界。对吗？
道宣法师所著的《续高僧传》，关于二祖事迹的记载，便与《传灯录》大有出入。道宣法师的《续高僧传》，太过重视文藻，完全如南北朝末期的文体，几乎有言不及义之嫌，有失史传的核实和精要之处，实是一大遗憾。不过宣师距离梁、隋之际不远，所传所闻的不同，也正有补二祖神光的资料之不足。
如其传中有云：“时有道恒禅师，先有定学，匡宗邺下，徒侣千计。承可说法，情事无寄，谓是魔话。乃遣众中通明者，来殄可门。既至，闻法泰然心服，悲感盈怀，无心返告。恒又重唤，亦不闻命。相从多使，皆无返者。他日遇恒，恒曰：我用尔许功夫，开汝眼目，何因致此诸使。答曰：眼本自正，因师故邪耳！恒遂深恨，谤恼于可。货赇俗府，非理屠害。初无一恨，几其至死。恒众庆快，遂使了本者绝学浮华，谤黩者操刀自拟。始悟一音所演，欣布交怀。海迹蹄滢，浅深斯在。可乃俗容顺俗，时惠清猷，乍托吟谣，或因情事，澄伏恒抱，写剖烦芜。故正道远而难希，封滞近而易结，斯有由矣。遂流离邺卫，亟展寒温。道竟幽而且玄，故末绪率无荣嗣。”
又云：“时有林法师，在邺盛讲《胜鬘》，并制文义。每讲人聚，乃选通三部经者，得七百人，预在其席。又周灭法，与可同学，共护经像。初，达摩禅师以四卷《楞伽》授可曰：我观汉地，唯有此经，仁者依行，自得度世。可专附玄理，如前所陈。遭贼斫臂，以法御心，不觉痛苦，火烧斫处，血断帛裹，乞食如故，曾不告人。后林又被贼斫其臂，叫号通夕，可为治裹，乞食供林。林怪可手不便，怒之。可曰：饼食在前，何不可裹。林曰：我无臂也，可不知耶？可曰：我亦无臂，复何可怒。因相委问，方知有功。世云无臂林矣。每可说法竟曰：此经四世之后，变成名相，一何可悲。”
新语云：根据道宣法师所著《续高僧传》的记载，二祖的遭怨获罪，除了辩和法师的诬告，致其死命以外，还有一位道恒法师，也同样地为了妒嫉而害过他。究竟道恒、辩和，是否同为一人，或另有一事，都很难考证了。总之，二祖在当时遭嫉而致死的际遇，尤有过于达摩大师的惨痛。千古学术意见之争，尤甚于干戈战伐之毒。人究竟是为了什么呢？
此外宣师所记二祖与林法师的一段，好像说：二祖后来在乱世的变局中，又遭贼斫过膀子。那么，他除了在求法时，斫了一条膀子以外，后来再斫一次，岂不成为“两膀都无”的大师了吗？如果真正如此，而犹仍为弘扬禅道，尽其一生而孜孜不倦，这与“杀身成仁”的精神相较，又别有千秋，令人顶礼膜拜不已了。但很可惜，宣师的记载，语焉不详，又是一大憾事。也许二祖在当时的变乱中，又被贼斫伤了他的另一条臂，并未再被斫断。因此道宣法师的传述中，便写成“火烧斫处，血断帛裹，乞食如故”。这些地方，实在是舞文弄墨的短处，华辞害意，徒唤奈何！