《药师经》所提示的药师法门，其修行的原理在哪里呢？先要以现行的、现在的意识作为生起次第。换句话说，拿现在的名词来说，要从自己的心理建设开始，先扩充自己的心量、愿力，学习药师佛初发心的大愿，以舍己为人为目的。先由心的转变，然后是身的转变。
普通显教都晓得点灯，《药师经》上所讲的灯，以及造《药师经》上所讲的十二彩神幡。我们现在所流行的显教，庙子上作消灾延寿的法会，燃灯四十九盏，挂的幡虽然不一定有十二个，但也都挂了，只是挂的不同而已，都想以表面的灯与幡，来求得消灾和延寿。有时有效果，这个效果是因为人的诚心，诚能感天，是第六意识的现行所造成坚强、坚固的意念所做到的。这个坚固的意念，不外乎是定的关系，一念至诚就是定，就是佛所说的“制心一处，无事不办”。
真正要修到不死之法，要晓得燃灯与十二神幡的涵义。所谓燃灯，必须要在自己定慧的境界上，发起身心内在的自性光明，这个自性光明不是像禅宗或其他的宗派所讲的理上的自性光明，而是密宗的生起次第著相的光明，也是自心内在由定所引发的光明，等于《楞严经》上所说的：“脱粘内缚，伏归元真，发本明耀”，就是定力到某一种程度，六根六尘的关系解脱了，自己制心一处，在内部，这个内部不分身体的内或身体的外，就是那个宁静的内部，由自性的功能所发起的神光。那么，在西藏的密法，把这一类的神光，用中文翻译有两个名词，一个名词叫它是“拙火”，一个名词叫它是“灵能”或“灵力”。
所谓拙火，是形容的观念，就是说人体的生命上有一种功能，它永远不发生作用，等于一个笨人，他永远是笨的。到什么时候发生作用呢？当我们把六根六尘，后天的妄念，乃至心理上后天的情绪，一切解脱平稳的时候，生命的这种基本功能就会发起作用，这个时候它并不笨。显教的经典，从东汉以后，一直到唐宋元明清的翻译，就叫作“三昧真火”。
这个东西在《楞严经》的道理怎么说呢？《楞严经》第三卷开始以后，讲物理世界的“性火真空，性空真火，清净本然，周遍法界，随众生心应所知量。……起遍世间，宁有方所”。它在宇宙的生命与我们人体的生命中间，无所在，但是也无所不在，要真正得定到一个相当的境界，严格地说，要到三禅定才会真正发起这个拙火光明。
那么，发起以后有两种修法，一种就是发起定，定在拙火光明境上，进入四禅的境界，最后自己到寿命的尽头，业报到最后结束时，以自己定慧的功力，不需要借助外来的、人世间的火力，而把自己炼化。这种情形的修法，在经典上记载，过去在印度，乃至于佛教传入中国，东汉到唐宋这个阶段，还有很多修行人可以做到。元朝以后，明朝、清朝一直到现在，很少见了，并不是因为时代的不同，而是因时代愈向后走，一般人发心修持的功力，同修持理论上的见解不彻底。拿唯识来讲，这是“证成”的道理不知道、不清楚，统统在“观待”道理，在思想理论上转，把佛学佛法真正的修法，都变成空谈了。
所以，这必须要证成道理完全修通、搞通了，修持就完全对了。
这是讲药师佛所讲的“灯”，它真正的涵义，是燃起这个父母所生的肉身，内在生命的光辉，那么它自然可以消灾延寿，拿中国的道理来说，自然可以长生不死。